Imaris AI Microscopy Image Analysis Software
- Tipus
- Presencial
- Data de termini d’inscripció
- Data d’inici
- dilluns, 05 d’octubre 26
- Data de fi
- dimarts, 06 d’octubre 26
En aquest curs es descriuran les característiques del programa de visualització i d'anàlisi d'imatges en 3D/4D IMARIS que està en constant evolució i innovació i que permet analitzar imatges de manera ràpida, estable i intuitiva.
Aquest curs introdueix el programari Imaris per a l'anàlisi de microscòpia 3D i 4D. Els participants aprendran visualització, gestió de dades i segmentació amb els mòduls Spots, Surfaces, Filaments i Cells. Una sessió teòrica breu es complementa amb pràctica guiada, aplicada a dades reals per resoldre preguntes experimentals pròpies.
Objectius
L'objectiu d'aquest curs és que conegueu els diferents mòduls que té el paquet Core Facilities d'IMARIS però sobretot, que pugueu aplicar sobre les vostres pròpies imatges, el millor protocol d'anàlisi per treure el màxim profit de les vostres imatges (ja siguin dades quantitatives com qualitatives).
· Entendre la interfície i l'estructura de dades d'Imaris
· Visualitzar i navegar dades de microscòpia 3D/4D
· Fer segmentació amb Spots, Surfaces, Filaments i Cells
· Extreure i interpretar mesures quantitatives
· Aplicar fluxos d'anàlisi a dades pròpies
Metodologia
El dia 5 de 10 a 11h es farà un seminari de presentació del programa IMARIS for Core Facilities en la que es donarà una visió general dels diferents mòduls que conté el paquet per poder conèixer-ne les possibilitats.
Seguidament, es faran sessions individualitzades de 30 minuts a l'ordinador d'anàlisi on hi ha instal·lat l'IMARIS al laboratori de microscòpia. Per a poder assistir-hi, els interessats hauran de realitzar la inscripció. Opcions per realitzar la part pràctica:
· Dia 5 d'octubre: 11-11:30, 11:30-12, 12-12:30, 12:30-13, 13:13:30 i de 13:30-14
· Dia 6 s'octubre: 10-10:30, 10:30-11, 11-11:30, 11:30-12, 12-12:30, 12:30-13, 13:13:30 i de 13:30-14
L'usuari que s'apunti ha de portar imatges pròpies per a que el puguem ajudar a escollir el millor tipus d'anàlisi. Si no es disposa d'imatges pròpies, també s'hi pot apuntar però no traurà el màxim profit de la sessió.
Més informació
Llengua: Català, castellà o anglès, segons els assistents.
Docent: Leonor Segurado Gouveia (docent principal), Anaïs Panosa (docent de suport)
Adreçat a: Personal adscrit a l'IRB Lleida, facultatius de totes les especialitats Hospitalàries, atenció primària, residents i estudiants UdL idealment que estiguin utilitzant la microscòpia de fluorescència i vulguin treure resultats quantitatius i qualitatius de les seves imatges.
Nombre de places: Xerrada: 89. Sessions pràctiques de 30 min: 14 persones.
Programa
Part 1 - Presentació
1. Introducció a Imaris
Ús del programari
· Visualització i anàlisi 3D/4D
· Aplicacions: neurones, cèl·lules, orgànuls, seguiment
Visió general
· Tipus de dades compatibles
· Mòduls d'Imaris
Conceptes clau
· Vòxels vs píxels
· Canals i sèries temporals
· Importància dels metadades
2. Interfície i gestió de dades
Interfície
· Vista Surpass i Slice
· Controls de visualització
Dades
· Importació (IMS,TIFF,formats microscopi)
· Navegació 3D
Eines
· Plans de tall
· Renderització volumètrica
· Talls ortogonals
3. Flux d'anàlisi
· Preprocessament
· Segmentació
· Edició
· Quantificació
· Exportació
4. Mòdul Spots
· Objectes petits i esfèrics
· Detecció automàtica
· Resultats: recompte i posició
5. Mòdul Surfaces
· Estructures irregulars
· Creació de superfícies
· Mesures de volum i intensitat
· Importància del llindar
6. Mòdul Filaments
· Estructures filamentoses
· Traçat automàtic o manual
· Resultats: longitud i ramificació
7. Mòdul Cells
· Segmentació cel·lular8. Exportació de resultats
· Estadístiques
· Exportació
· Imatges i animacions
Part 2 - Sessió pràctica
Treball amb dades pròpies o exemples.
INSCRIPCIONS A LA SESSIÓ TEÒRICA: OBERTES
INSCRIPCIONS A LA SESSIÓ PRÀCTICA: OBERTES
