Imaris AI Microscopy Image Analysis Software
- Tipo
- Presencial
- Plazo de inscripción
- Fecha de inicio
- lunes, 05 octubre 26
- Fecha de fin
- martes, 06 octubre 26
Descripción del curso
En este curso se describirán las características del programa de visualización y análisis de imágenes 3D/4D IMARIS, una plataforma en constante evolución e innovación que permite analizar imágenes de manera rápida, estable e intuitiva.
Este curso introduce el software Imaris para el análisis de microscopía 3D y 4D. Los participantes aprenderán visualización, gestión de datos y segmentación utilizando los módulos Spots, Surfaces, Filaments y Cells. Una breve sesión teórica se complementará con práctica guiada aplicada a datos reales para resolver preguntas experimentales propias.
Objetivos
El objetivo de este curso es que los participantes conozcan los diferentes módulos incluidos en el paquete Core Facilities de IMARIS y, sobre todo, que puedan aplicar a sus propias imágenes el protocolo de análisis más adecuado para obtener el máximo rendimiento de las mismas, tanto a nivel cuantitativo como cualitativo.
Comprender la interfaz y la estructura de datos de Imaris.
Visualizar y navegar datos de microscopía 3D/4D.
Realizar segmentación con Spots, Surfaces, Filaments y Cells.
Extraer e interpretar medidas cuantitativas.
Aplicar flujos de análisis a sus propios datos.
Metodología
El día 5, de 10:00 a 11:00 h, se realizará un seminario de presentación del programa IMARIS for Core Facilities, en el que se ofrecerá una visión general de los diferentes módulos que incluye el paquete para conocer sus posibilidades.
A continuación, se llevarán a cabo sesiones individualizadas de 30 minutos en el ordenador de análisis donde está instalado IMARIS, en el laboratorio de microscopía. Para poder asistir, los interesados deberán realizar la inscripción.
Opciones para realizar la parte práctica:
5 de octubre: 11:00-11:30, 11:30-12:00, 12:00-12:30, 12:30-13:00, 13:00-13:30 y 13:30-14:00.
6 de octubre: 10:00-10:30, 10:30-11:00, 11:00-11:30, 11:30-12:00, 12:00-12:30, 12:30-13:00, 13:00-13:30 y 13:30-14:00.
Los usuarios inscritos deberán traer sus propias imágenes para que podamos ayudarles a elegir el tipo de análisis más adecuado. Si no disponen de imágenes propias, también podrán participar, aunque no aprovecharán al máximo la sesión.
Más información
Idioma: Catalán, castellano o inglés, según los asistentes.
Docentes: Leonor Segurado Gouveia (docente principal) y Anaïs Panosa (docente de apoyo).
Dirigido a: Personal adscrito al IRB Lleida, facultativos de todas las especialidades hospitalarias, profesionales de atención primaria, residentes y estudiantes de la UdL que utilicen microscopía de fluorescencia y deseen obtener resultados cuantitativos y cualitativos de sus imágenes.
Número de plazas:
- Charla: 89 plazas.
- Sesiones prácticas de 30 minutos: 14 personas.
Programa
Parte 1 - Presentación
1. Introducción a Imaris
Uso del software
Visualización y análisis 3D/4D.
Aplicaciones: neuronas, células, orgánulos y seguimiento.
Visión general
Tipos de datos compatibles.
Módulos de Imaris.
Conceptos clave
Vóxeles frente a píxeles.
Canales y series temporales.
Importancia de los metadatos.
2. Interfaz y gestión de datos
Interfaz
Vista Surpass y Slice.
Controles de visualización.
Datos
Importación de datos (IMS, TIFF y formatos de microscopio).
Navegación 3D.
Herramientas
Planos de corte.
Renderización volumétrica.
Cortes ortogonales.
3. Flujo de análisis
Preprocesamiento.
Segmentación.
Edición.
Cuantificación.
Exportación.
4. Módulo Spots
Objetos pequeños y esféricos.
Detección automática.
Resultados: recuento y posición.
5. Módulo Surfaces
Estructuras irregulares.
Creación de superficies.
Medidas de volumen e intensidad.
Importancia del umbral.
6. Módulo Filaments
Estructuras filamentosas.
Trazado automático o manual.
Resultados: longitud y ramificación.
7. Módulo Cells
Segmentación celular.
8. Exportación de resultados
Estadísticas.
Exportación de resultados.
Imágenes y animaciones.
Parte 2 - Sesión práctica
Trabajo con datos propios o ejemplos.
Inscripciones a la sesión teórica: ABIERTAS
Inscripciones a la sesión práctica: ABIERTAS
